Si se tiene acceso SSH al servidor donde queremos migrar la base de datos, recomiendo hacerlo usando únicamente comandos. La línea de comandos nos evita lidiar con las limitaciones de PHPMyAdmin, el servidor web o el navegador. Por mi experiencia, tras probar otros métodos para migrar grandes bases de datos, he comprobado que hacerlo en la línea de comandos es la manera más segura y rápida.