La respuesta es ogr2ogr, un programita que forma parte de la librería GDAL, un conjunto de herramientas para convertir a distintos formatos datos geográficos. Otra joya de software libre con una comunidad de más de 600 personas detrás.
Para convertir un conjunto de datos SHAPE a geoJSON desde la línea de comandos:
ogr2ogr -f GeoJSON -t_srs EPSG:4326 output.geojson input.shp
El modificador -t_srs permite cambiar el sistema de coordenadas al mismo tiempo que se hace la conversión. En el caso de estar traduciendo a geoJSON es importante porque es el sistema EPSG:4346 que ha de usarse.