TLDR: Lo que hace confuso el uso de entornos virtuales es el jaleo de versiones de python que conviven en un sistema, no los entornos en sí que conceptualmente son muy sencillos. Las herramientas para gestionar entornos virtuales son módulos de python en su mayoría. Para evitar que python se líe como un ovillo mal enrollado y evitar pasar un día desenredándolo a mí me funcionan tres reglas: no instalar módulos usando sudo, instalar módulos usando pip y no apt (a excepción de python-env), usar python -m pip en lugar de pip.
