Muchas veces la codificación de un archivo nos está volviendo locos, porque hace que no funcione algún script, y es lo último que se nos ocurre comprobar. A mí me pasa, por ejemplo, cuando hago un script en bash utilizando algún archivo que me ha pasado alguien que usa Windows, y por tanto viene con una codificación ISO-8859 en vez de UTF-8. Para evitar sorpresas, lo mejor es comprobar al principio la codificación y en caso de no ser UTF-8 cambiarla.