Para programar un shortcode sencillo basta incluir en el archivo functions.php la función add_shortcode() de la siguiente manera:

add_shortcode('nombre-del-shortcode', 'funcion-a-la-que-llama');

Para ejecutarlo basta incluir en el contenido de un post o una página el nombre del shortcode entre corchetes:

[nombre-del-shortcode]

En Smash Magazine se puede encontrar un tutorial en el que se explica en detalle cómo programar distintos tipos de shortcodes.

Como ejemplo, este sencillo shortcode que añade un separador en forma de línea en el lugar donde lo incluyamos:

// creamos la función a la que llamaremos con el shortcodes
function blueline() {
        return "<div class='blueline'><hr /></div>";
}
// creamos el shortcode
add_shortcode( 'linea', 'blueline' );

Y para llamar al shorcode:

[linea]

En anieto2k hay otro tutorial similar, en español, y con ejemplos más útiles.