En el caso de una paginación numérica basta modificar el parámetro total de la función paginate_links(), que indica el total de páginas en las que se partirá el loop. WordPress calcula las páginas, él solito, dividiendo el total de posts del loop entre el valor que hayamos asignado al parámetro showposts (en versiones de WordPress anteriores a la 2.1) o posts_per_page en query_posts.

Para un loop como el siguiente:

global $query_string;
query_posts( $query_string . "&posts_per_page=5&offset=5" );

Definiremos total de la siguinete manera:

$total = $wp_query->max_num_pages - 1;

En vez de la manera usual:

$total = $wp_query->max_num_pages;

De manera que la paginación numérica, mediante paginate_links, quedaría:

global $wp_rewrite;
$wp_query->query_vars['paged'] > 1 ? $current = $wp_query->query_vars['paged'] : $current = 1;

$total = $wp_query->max_num_pages - 1;
$pagination = array(
        'base' => '%_%',
        'format' => '',
        'total' => $total,
        'current' => $current,
        'show_all' => false,
        'prev_text' => __('Anterior'),
        'next_text' => __('Siguiente'),
        'type' => 'plain',
);

if( $wp_rewrite->using_permalinks() )
        $pagination['base'] = user_trailingslashit( trailingslashit( remove_query_arg('s',get_pagenum_link(1) ) ) . "page/%#%/", 'paged');

if( !empty($wp_query->query_vars['s']) )
        $pagination['add_args'] = array('s'=>get_query_var('s'));

echo paginate_links($pagination);

Otras soluciones que nos han inspirado, aunque no nos han acabado de funcionar, pero quizás a ti sí:

• How to: Offsets and Paging
• Modificando la paginación de WordPress

Para conseguir un loop con offset paginado utilizaremos query_posts. Si lo utilizamos asignando un valor directo al atributo offset no funcionará:

<?php
$paged = (get_query_var('paged')) ? get_query_var('paged') : 1;
query_posts("offset=5&paged=paged");
if ( have_posts() ) : while ( have_posts() ) : the_post();
   // código del loop
endwhile;
else:
endif;
wp_reset_query();
?>

Para que funcione debemos relacionar los dos atributos de la siguiente manera:

$offset =  ( 5 * $paged ) - 5;

De manera que el loop quedaría:

<?php
$paged = (get_query_var('paged')) ? get_query_var('paged') : 1;
$offset = ( 5 * $paged ) - 5;
query_posts("offset=$offset&paged=paged");
if ( have_posts() ) : while ( have_posts() ) : the_post();
   // código del loop
endwhile;
else:
endif;
wp_reset_query();
?>

La solución definitiva la encontré gracias a los chicos de The Boring Group. Por el camino quedaron muchas otras, entre ellas un hilo de los foros oficiales de WordPress que plantea una solución bella pero que a mí no me sirvió.

<!--nextpage-->

Una entrada se puede paginar en tantas partes como se quiera, incluyendo cada vez el código anterior. WordPress crea automáticamente un menú numérico de navegación entre las diferentes páginas.

Digg Style Pagination. También muy configurable, pero no se puede hacer desde el gestor, hay que añadir las directivas en el código. El código base para hacerlo funcionar es if(function_exists("pagination")) pagination());. Si se quiere cambiar los valores por omisión de los enlaces a página previa y siguiente, y el número de páginas a mostrar, entonces por ejemplo if(function_exists("pagination")) pagination(4,array("",""));. En este casi concreto, se mostrarán enlaces hasta a 4 páginas y como texto de los enlaces a página previa y siguiente aparecerá “«” y “»”, respectivamente. Aunque funciona perfectamente con la versión 2.7 de WordPress, parece que está fuera de desarrollo, o al menos hace mucho que no sacan nueva versión.

El que tenga tiempo y ganas, puede intentar implementar un paginador de cero.

jQuery-Pagebar. Utiliza jQuery y el estilo es fácilmente configurable desde el gestor. Muy versátil, con opciones interesantes como sustituir la barra de navegación de WordPress automáticamente.

Paginator. Tiene únicamente dos opciones de configuración: cuántas páginas mostrar en la barra y si mostrar el número total de páginas. Muy, muy sencillo y con una visualización que escapa a lo convencional.