Instalar los paquetes necesarios:

apt-get install cpufreqd cpufrequtils

Ejecutar (y/o añadir al archivo /etc/rc.local para que se ejecute cada vez que se reinicie.)

# para un procesador AMD Athlon
#(hay más; véase modules.dep, p. ej.)
modprobe powernow-k8
modprobe cpufreq_conservative
cpufreq-set -g conservative
# para ver que todo funciona
#(puede tardar un poco en reducir la frecuencia)
cpufreq-info
# en caso de que no funcione,
#comprobar en la BIOS que está activado
# el sistema Coll'n'quiet

En mi Dell Inspiron 1501 que solía correr con una frecuencia de 1600 MHz, la ha reducido a la mitad, y la temperatura ha disminuido 20ºC. En el artículo de la Wikipedia sobre la CPU se pueden consultar algún detalle sobre cómo funciona y qué implica una frecuencia alta o baja.